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计算重组率知道两个基因在一条染色体上的位置(就是可以用CM表示),怎么计算它们的重组率
CM 这个符号是厘摩的意思,是染色体上基因图距单位.
把这个单位换成%,就是2个图距X 厘摩的基因的重组率了,就是X%
因为厘摩的定义就是重组率去处百分号的那个数值.
d21s11基因名词解释
D21S11:其为位于21号染色体长臂的复杂四核苷酸重复。数目可变的TCTA和TCTG重复部分围绕着序列构成为﹛﹝TCTA﹞3TA﹝TCTA﹞3TCA﹝TCTA﹞2TCCA TA﹜长43bp的片段。X.2微变异等位基因主要是源于区域3′末端2bp(TA)的插入。D21S11是一个多态性很高的基因座,易于用片段分离方法检测。文献报道该基因座有80多等位基因,多数具有相同长度。多数等位基因具有相同长度,但是一些重复核心位置变换导致插入序列结构不同,D21S11等位基因的微小变异结果只能通过测序分析。例如,4个不同的结构等位基因都被命名为等位基因30,因此,不能仅依靠片段长度分析方法检测。
次等位基因频率意义
在给定群体中,第二常见的基因型(次等位基因)出现的基因频率就称为次等位基因频率。中文名次等位基因频率外文名minor allele frequency缩写MAF首先需要了解一下 allele frequency(等位基因频率)的概念。用一个例子说明:假设在100个人里面,某条染色体上某个位点有一个SNP,这个SNP位点有三个allele: A, C, G。 通过全基因组测序的方法我们发现这100个人里面这个位点的碱基A出现100次,C出现80次,G出现20次(人是二倍体,因此这个SNP位点有200个)。所以我们可以计算这三个allele的频率: A = 100/200, C = 80/200, G = 20/200. 那么根据定义,出现第二多的就是minor allele frequency。 也就是allele C,MAF为0.4。MAF在群体遗传学中很常被用到。因为它提供了区分群体中常见变异与特殊变异的信息。举个例子,在一个2015年2120个撒丁岛人的全基因组调查中,作者将其中发现的变异根据MAF而分为了三种。其中还发现MAF<0.05的罕见特殊变异相较于常规变异MAF>0.05,更常见发生在编码区在此族群中。此外,在国际人类基因组单体型图计划(HapMap)中,MAF大于0.05 (5%)的SNP都被作为了调查目标。
转座子技术在基因功能研究中有哪些应用
1951年BarbaraMclintock首先在玉米中发现了控制元件,后来命名为转座元件或转座子(transposon)。转座子是基因组中一段可移动的DNA序列,可以通过切割、重新整合等一系列过程从基因组的一个位置“跳跃”到另一个位置。这一元件不仅可用于分析生物遗传进化上分子作用引起的一些现象,还为基因工程和分子生物学研究提供了强有力的工具,可以在不了解基因产物的生化性质和表达模式的情况下,分离克隆植物基因,即转座子标签(transposontagging),又称为转座子示踪法。其原理是利用转座子的插入造成基因突变,以转座子序列为基础,从突变株的基因文库中筛选出带有此转座子的克隆,它必定含有与转座子序列相邻的突变基因的部分序列,再利用这部分序列从野生型基因文库中获得完整的基因〔1〕。1984年,用转座子标签法首先在玉米中分离了bronze基因,该基因编码了玉米花色素合成途径的关键酶——UDP-葡萄糖类黄3-O-葡萄糖基转移酶〔2〕。此后还利用转座子标签技术分离了许多植物基因。转座子可以分为两大类:以DNA-DNA转座的转座子和反转录转座子(retrotransposon)。第一类转座子可以通过DNA复制或直接切除两种获得可移片段,重新插入基因组DNA中。根据转座的自主性,这类元件又可以分为自主转座元件和非自主转座元件,前者本身能够编码转座酶而进行转座,后者则需在自主元件存在时方可转座,以玉米的Ac/Ds体系为例,Ac(Activator)属于自主元件,Ds(Dissociation)则是非自主元件,必需在Ac元件存在下才能转座〔1〕。第二类转座子又称为返座元(retroposon)〔3〕,是近年新发现的由RNA介导转座的转座元件,在结构和复制上与反转录病毒(retrovirus)类似,只是没有病毒感染必须的env基因,它通过转录合成mRNA,再逆转录合成新的元件整合到基因组中完成转座,每转座1次拷贝数就会增加1份,因此它是目前所知高等植物中数量最大的一类可活动遗传成分。目前共发现了3种类型反转录转座子:Tyl-copia类,Ty3-gypsy类和LINE(longinterspersednuclearClements)类转座子,前两类是具有长末端重复的转座子,LINE类转座子没有长末端重复。高等植物中的反转录转座子主要属于Tyl-copia类,分布十分广泛,几乎覆盖了所有高等植物种类〔4〕。克隆转座子主要有两条途径:其一,利用抗体识别或cDNA探针从野生型植株中获得表达量降低或不稳定基因座的序列,再从突变体中分离得到相应的转座子:其二是根据序列同源性,在基因组的不同位置分离同一家族的转座子成员。目前已经克隆的植物转座子约156种(来自Genbank的报告
等位基因与非等位基因的区别有哪些
等位基因与非等位基因的区别如下:非等位基因就是位于同源染色体的不同位置上或非同源染色体上的基因,等位基因是一些占据染色体的基因座的可以复制的脱氧核糖核酸。控制同一性状的为等位基因,如人的身高,若控制高的基因为显,则此人长得高,若没有此基因,则此人身高由控制矮的隐性基因控制,于是长得矮。非等位基因则控制不状,如狗毛的长短和狗毛的颜色。等位基因,分别位于一对同源染色体上 相同位置的一对基因.非等位基因,不同位置上的两个或以上的基因.
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