有。加热高热量、蛋白质的食物时容易有致癌物质产生。微波炉本身有很强的辐射，所以热菜的时候不宜站在微波炉旁边。大多数菜品经过加热后营养会流失一部分。
使用微波炉热菜对身体有一定害处：
1、加热高热量的食物(各种煎炸烤制面食)、高蛋白质食物对人体的危害较大，微波食物中的矿物质、维生素及营养大量减少，或改变成致癌物或转变成不能被身体分解的合成物。
2、微波炉本身有很强的辐射，所以在热饭的时候不宜离得太近，微波炉食物能引起胃癌，研究发现，有些胃癌及肠癌，皆与常吃微波炉食物有关，这或许解释了何以美国人近些年来患直肠癌的比例增加如此迅速。
3、大多数菜品经过微波炉加热，营养都会流失，微波炉烹煮的食物使蔬菜中的矿物质改变成会破坏人体健康的自由基。