灭菌条件不同、营养成分不同、口感不同。营养成分不同：纯牛奶经过超高温杀菌后，免疫蛋白、乳铁蛋白等营养成分在超高温条件下损伤比较大。而牛奶采用巴氏杀菌后，会尽可能保留牛奶当中的营养成分，免疫蛋白、乳铁蛋白、水溶性维生素B族和维生素C等都能够尽可能多地保留下来。
巴氏奶和纯牛奶区别：
1、灭菌条件不同
巴氏杀菌奶是采用巴氏消毒法加工生产的一种牛奶。巴氏奶采用80℃~85℃杀菌，持续15~20秒钟，这种消毒法可以杀死牛奶中可能存在的所有有害微生物，同时又不损失牛奶中的有效营养成分，是全球通用的一种牛奶消毒法。而纯牛奶是在139℃~142℃时进行杀菌，杀菌温度不同，里面保持的营养成分也就不同。
2、营养成分不同
纯牛奶经过超高温杀菌后，免疫蛋白、乳铁蛋白等营养成分在超高温条件下损伤比较大。而牛奶采用巴氏杀菌后，会尽可能保留牛奶当中的营养成分，免疫蛋白、乳铁蛋白、水溶性维生素B族和维生素C等都能够尽可能多地保留下来。
3、口感不同
超高温情况下，纯牛奶的芳香物质有所损失，因此巴氏奶产品的口感要优于超高温牛奶。