2004年4月8日，钟南山被授予中国国内卫生系统的最高荣誉称号——白求恩奖章。2018年12月18日，党中央、国务院授予钟南山同志“改革先锋”称号，颁授改革先锋奖章，并获评“公共卫生事件应急体系建设的重要推动者”。2020年8月11日，习近平签署主席令，授予钟南山“共和国勋章”。
1、1984年，钟南山被授予“中国首批国家级有突出贡献专家”称号。
2、1992年，钟南山获“中国全国卫生系统模范工作者”称号。
3、1997年1月15日，钟南山被中共广州市委授予“模范共产党员”的称号。
4、2003年，钟南山被广州市授予“抗非英雄”荣誉称号。
5、2004年4月8日，钟南山被授予中国国内卫生系统的最高荣誉称号——白求恩奖章。
6、2018年12月18日，党中央、国务院授予钟南山同志“改革先锋”称号，颁授改革先锋奖章，并获评“公共卫生事件应急体系建设的重要推动者”。
7、2020年8月11日，习近平签署主席令，授予钟南山“共和国勋章”。