有问题就有答案
Q1：网站程序和数据库是放在同一电脑上还是分开
风险是小了点，但是跟不分开也差不多啦，速度应该会降低才对，试想一下，如果我要访问你的网址，首先要通过网络访问你的网页，还要再一次通过网络访问你的数据库得到数据，速度肯定没在同一个服务器快，除非两个服务器在同一个机房 一台是服务器，装有数据库；其他的电脑装有访问软件，用路由器就可以连接了，不过这种产品属于早期了，一旦有机器中病毒，就会影响数据源,所以电脑尽量不要接触外部网络至于你说的专门的访问通道，现在的用友ERP软件就是采用JAVA专用通道来搭建的，安全性肯定很高啦，可以直接利用外部internet网络传输，进行跨省连接，很多集团公司的财务统一管理就是这样的
Q2：可不可以把网页放在一个服务器中,把数据库放到别一个服务器中,再连接起来用
基本上都可以，请补充你用的什么数据库，我给你具体的解决方案我用到现在，几乎所有的国内的中小空间商都是在本机装MySQL，也就是“local”或者127.0.0.1当然也可以分开，国外有的空间提供商就是这样做的，他们通常都把存放网页服务器和数据库服务器区分开来。另外，将网页和数据库存放在不同服务器并不会影响速度（前提是在同一机房局域网内），反而提高了效率
Q3：大数据服务器几台机器联合起来处理数据是不是一定要放在同一机房，联机处理有什么限制呢？
看具体什么假设了，放在一个机房做集群，内网吞吐量也大，服务器之间数据传输延迟小，提高这一个点的计算能力，自动化管理也方便。如果是分布放在不同的机房，就类似CDN，不同节点的服务器服务不同区域的客户，这样使访问速度更快，但不同节点之间的数据同步和管理相对要求高一些。
Q4：机房电脑能远程服务器，但是机房电脑和服务器不在一个网段内，要怎么样才能访问服务器？
你是想问外网如何访问服务器的吧.服务器远程不分网段.只要网络通畅的情况下都可以远程.远程连接的方式是在本地电脑上点开始.运行.输入mstsc后点确定.然后在弹出的窗口中输入服务器的IP用户名和密码.点连接即可远程连接服务器
Q5：公司有两个服务器，一个服务器上挂了网站就是网页等，另一个是数据库，也挂了一些网站，
首先并不是DNS服务器的问题第二，建议您在服务器上开启snmp服务，用mrtg或者cacti监控一下，如果是托管在电信机房，运营商应该提供此记录图。开启snmp后可监控服务器的CPU、内存、硬盘、登陆用户数、带宽使用状况等，根据情况来实际分析。再一次出现卡超时的情况就可以查到什么原因。看您目前的架构估计貌似数据库配置文件的优化问题。要么就是其他网站没有限速占用了服务器的带宽。总之还得分析日志来解决。
Q6：两组服务器，分别在两个机房，数据库同步和网站同步是怎么解决的？
用网站同步镜像之类的软件